清光緒三十一年（1905年），美國傳教士蒲魯士夫婦等人在紫璜山租用民房開設醫療診所，后改成興仁醫院，李可楨任董事長，李可信為院長，由此開啟了莆田涵江醫院的百年歷史篇章。在醫院的創辦初期，由于國家動亂，資金的匱乏，醫院幾經波折，甚至停辦，醫療業務也以接生、診治婦科病為主。

民國期間，隨著地方商業人士及愛國華僑紛紛為醫院捐款捐物，醫院擁有了一批先進的檢驗儀器及檢查設備，同時，先后聘請內、外、婦科名醫帶動醫療團隊，吸引了福清、惠安等地的患者紛紛就醫，醫院管理和醫療業務逐漸走上較為正規的軌道。

中華人民共和國成立后，醫院結束了近半個世紀的徘徊緩慢發展的歷史，邁開快速前進的步伐。1952年9月，莆田縣人民政府接辦醫院，正式改名為莆田涵江醫院，從私立性質改制為公立醫院。1984年涵江區成立后，醫院從隸屬莆田縣到劃歸涵江區領導和管理。1995年，獲得“愛嬰醫院”稱號。1998年8月，涵江醫院被國家衛生部正式授予二級甲等醫院稱號。2003年，醫院分別與白沙、莊邊等山區衛生院建立協作關系。隨著醫院不斷的培養和引進人才，及國家醫保等一系列惠民政策的實施和大力推廣，2010年醫院收入突破億元大關。2011年，涵江醫院確立為莆田市縣級醫院綜合改革試點單位，且規模為1000張床位的新院區建設項目成為區級重點建設項目。

2015年，作為福建省首家政府與社會資本合作的公立醫院綜合改革試點，由莆田市涵江區人民政府引入央企“國藥”旗下國藥控股醫療投資管理有限公司（簡稱“國控醫療”），進行混合所有制改革。由國控醫療負責醫院經營，同時保留非營利性和公益性，并啟動新院區建設。

2020年8月1日，涵江醫院正式啟動搬遷；8月4日，新院『福建國藥東南醫院』正式啟用。福建國藥東南醫院是國控醫療與涵江區人民政府合資，按照現代化三級甲等綜合醫院標準建設的非營利性醫院，同時也是全國聯網醫保定點醫院。福建國藥東南醫院總投資12.95億元，占地8.7萬㎡（約合131畝），總建筑面積17.39萬㎡，開放床位1000張,，一期設置停車位531個。

整體搬遷后，我院醫療服務能力全面提升，就醫環境極大改善，為市民提供更加優質、高效、舒適、溫馨的服務。同時，新院還將繼續大力引進優秀人才和要素資源，影響帶動區域醫療健康服務的整體水平，滿足并超越周邊居民及華僑對健康醫療服務的需求，逐步發展成為以無痛、微創、快速康復為特色的莆田東部區域醫療中心。

莆田涵江醫院急診救護車輛：閩B852KE負壓救護車，閩BQN518救護車，閩BVY821救護車，閩B851KE救護車。